测控通信执行神舟六号载人航天飞行任务的测控网由北京、东风、西安三个指控中心，东风、渭南、青岛、喀什等国内测控站，纳米比亚、马林迪、卡拉奇等3个国外测控站，以及位于太平洋、印度洋、大西洋的4艘远望号测量船，组成的陆海基全球S波段统一测控通信网（可进行国际联网），对火箭、飞船完成测控通信任务。
着陆场地主着陆场区位于内蒙古中部地区阿木古朗草原四子王旗，承担神舟六号飞船返回舱搜救和回收任务，副着陆场位于酒泉卫星发射中心东南地区。
陆上设立4个应急救生点分别位于酒泉、银川、榆林、邯郸；海上设立3个应急救生区，A区位于黄海和东海海面，B区位于一岛链和二岛链之间的太平洋洋面，C区位于关岛以东的太平洋洋面。
飞行运载飞行乘组2005年10月12日，执行神舟六号载人飞行任务的飞行乘组公布，共计2人，分别为：

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