军机章京负责军机处的日常工作，如处理文书、记注档册、撰拟文稿等 。值宿之章京，夜间遇有紧要事件，亦有单独被皇帝召见承旨撰书谕旨者；还可参与军机大臣所承办案件的审理等 。
军机处内部机构的设置未见记载，现存的军机处档案中，可见到它内部的分工是按职掌设满屋和汉屋 。满(汉)屋为其内部俗称，其对外行文时称满(汉)军机处，由满、汉章京分别任事 。其职掌除分办满汉文之谕旨和奏折外，满屋掌在京旗营及各省驻防和西北两路军营官员的补放事务，负责内蒙古、外蒙古、藩部及喇嘛等朝贡时拟赏单，并掌管军机处本身的事务性工作；汉屋办理在京部院及各省文职官员、绿营武职官员的补放进单，王公内外大臣赏单及拟给外国朝贡使臣赏单，办理皇帝交下的应查、应办的事务以及负责军机处的对外联系、管理档案等工作 。军机处的设立，进一步加强了清王朝封建君主专制制度 。它成为清代皇帝直接控制下的全国行政之总汇，赞襄皇帝对国家大政方略的决策 。

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