1940年8月1日，汉斯·法郎克颁布了一项法令，要求克拉科夫的所有犹太人在两周内离开这座城市 。只有那些从事直接和德国战事相关工作的人可以留下来 。当时有6至8万人生活在这座城市，到1941年3月仅剩15000人 。这些犹太人接下来也被迫离开自己居住的卡齐米日社区，统一搬到在原来的工业区中建立的克拉科夫犹太人区 。辛德勒的员工每天从犹太人区步行到工厂上班，之后4年的时间里，辛德勒对工厂进行了扩建，增加了厨房、诊所、食堂、办公室等设施 。
普拉佐
1941年秋，纳粹开始将犹太人区居住的犹太人转移，其中大部分被送到贝尔赛克灭绝营杀害 。1943年3月13日，犹太人已经清空，那些仍然可以工作的犹太人被送到了位于普拉佐的新纳粹集中营 。数千名被认为不适合工作的人被送至灭绝营杀害，还有数百人在街头被正在清空犹太人区的纳粹所杀 。辛德勒由于在党卫军中有关系，所以提前得知了这一行动，并安排工人留在厂里过夜以免发生不测 。他亲眼目睹了对犹太人区的清理并深感震惊 。据辛德勒犹太人索尔·乌尔巴克所说，辛德勒从那时起“改变了对纳粹的看法，决心尽可能多救出一些犹太人 。”
克拉科夫-普拉佐集中营于1943年3月开始运作，这里原本是两个犹太人墓地，距德国搪瓷制品厂约2.5千米，由党卫队上尉阿蒙·哥特统领，此人曾数次在集中营内随机地处决犯人 。这里的犹太人每天都生活在对死亡的恐惧之中 。艾米莉·辛德勒曾称哥特是“我所见过最卑劣的人” 。
哥特起初计划把包括辛德勒工厂在内的所有工厂转移到集中营内 。不过辛德勒把奉承、贿赂及外交手腕相结合，不但避免了工厂的转移，还说服哥特允许他自费在厂内建立一个子集中营，除了容纳工厂内的犹太人外，还可以收容附近工厂的另外450名犹太人 。这些人在这里不但可以免受随机处决的威胁，而且还配有食宿，甚至可以进行宗教仪式 。
辛德勒曾两次因涉嫌参与黑市交易被捕，还有一次因为亲吻了一个犹太女孩违反《纽伦堡法案》被捕 。第一次被捕是在1941年末，他为此在拘留所过夜 。他的秘书通过辛德勒在纳粹党中的关系网让他得以获释 。1942年4月29日，辛德勒因前一日在工厂进行的自己生日聚会上亲吻了一个犹太女子的脸颊而被捕，这次他在监狱里关了5天 。第三次被捕发生在1944年10月，他被指控进行黑市交易，并通过向哥特及其他人行贿来改善犹太工人的状况 。这回他被关了近一个星期 。哥特于1944年9月因受贿和滥权被捕，之前辛德勒的被捕正是对哥特行为调查活动的一部分 。哥特从未因这些指控被定罪，但他于1946年9月13日因战争罪行被处以绞刑 。
1943年，布达佩斯的犹太复国主义领导人通过犹太抵抗运动成员和辛德勒取得了联系，后者之后数次亲自前往布拉佩斯报告纳粹对犹太人的罪行 。他还将以色列犹太人机构提供的资金带回并转交给犹太人地下组织 。
【辛德勒是真人真事吗 辛德勒真实存在吗】布瑞恩利兹
1944年7月，由于苏联红军的节节逼近，亲卫队开始关闭最东面的集中营，把余下的囚犯向西转移到奥斯威辛和格罗斯-罗森集中营 。哥特的私人秘书梅特克·庞帕把纳粹关闭所有不是和战争需要直接有关的工厂，包括辛德勒工厂的计划提前预警给辛德勒，并建议将产品从搪瓷制品改为反坦克手榴弹来挽救犹太工人的生命 。辛德勒通过贿赂和劝说，最终让哥特及远在柏林的官员同意他把工厂和工人转移到苏德台地区一个名叫布瑞恩利兹（Brünnlitz，音译）的小乡村，从而免除了工人被送入毒气室处死 。庞帕把犹太区警察马赛尔·戈德伯格警官提供的姓名整理后打印了一份1200名将转移到苏台德地区的犹太人名单，其中1000名是辛德勒的工人，另外200名是朱利叶斯·马德里奇的纺织制品厂工人 。这些犹太人于1944年10月被送往布瑞恩利兹 。

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