1944年10月15日，一辆装载有700名辛德勒名单上人员的火车起初被送到了格罗斯-罗森集中营，并在那里呆了一个星期后才重新送到布瑞恩利兹的工厂 。另外300名女性“辛德勒犹太人”起初也被送到奥斯威辛，并且随时可能会被送进毒气室 。辛德勒以往的人脉和贿赂这次都不起作用了，他最终派自己的秘书希尔德·阿尔布雷希特（Hilde Albrecht）带上黑市买来的商品、食品和钻石前往奥斯威辛，这些女工人担惊受怕了几个星期后才被送去了布瑞恩利兹 。
除了工人外，辛德勒还将250车皮的机械和原料运到了新的工厂，但工厂中生产出的可用炮弹很少 。每当有军备官员质问工厂产量为何如此之低时，辛德勒就从黑市上买来成品充数卖给军队 。党卫队提供的口粮不足以满足工人的需求，所以辛德勒会花大部分时间在克拉科夫获取粮食、军火及其它材料 。他的夫人埃米莉留在布瑞恩利兹，暗中设法获得更多的口粮，并照料工人的健康和其他基本需求 。辛德勒还安排了奥斯威辛多达3000名犹太女性转移到苏德台地区的小纺织厂，希望可以增加她们生还的希望 。
1945年1月，一辆装有250名犹太人的火车到达布瑞恩利兹，这些人原本是被送往波兰的一处矿场，但被拒绝接收后来到这里 。到达时，车厢已经冻得封死 。之后工厂一位工程师用烙铁打开了门，车上12人已经死亡，其他人都已经病重，无法参加工作 。埃米莉将幸存者送入工厂，并且在一个临时搭建的医院中照料他们直到战争结束 。随着苏联红军的逼近，辛德勒为避免工人被亲卫队所杀而继续向军官行贿 。1945年5月7日，他和工人们聚在工厂内，聆听广播中英国首相温斯顿·丘吉尔宣布德国投降的消息 。
由于身为纳粹党和阿勃维尔成员，辛德勒有被以战犯逮捕和处决的危险 。班吉尔、斯特恩和其他多人准备了一份声明，以便让辛德勒呈交给美国人证实自己曾挽救了一些犹太人的生命 。赛门·杰里特（Simon Jeret）还拔掉了自己的金牙，用上面的黄金打造了一枚戒指送给辛德勒，上面刻有“救一人命，如救苍生”（Whoever saves one life saves the world entire）的字样 。为了逃避苏联人的抓捕，辛德勒和埃米莉乘坐他们的一辆只有两个座位的霍希轿车向西逃亡，起初还有几名一同逃离的德国士兵坐在车两旁的位置上，后面还跟有一辆卡车，上面有辛德勒的情妇玛尔塔（Marta）、几名犹太工人以及一些黑市商品 。到了捷克布杰约维采，霍希轿车被已经占领该地的苏联红军士兵没收 。辛德勒起初藏在座位下的一颗钻石也没能取回 。他们继续通过乘坐火车和步行前进直至到达美国占领区，然后前往帕绍，一位美国犹太人军官安排他们乘火车前往瑞士 。1945年秋，辛德勒夫妇搬到了巴伐利亚生活 。
到战争结束时，辛德勒的所有积蓄都已经在贿赂和在黑市为工人购买给养中耗尽 。几乎一贫如洗的辛德勒曾短暂迁至雷根斯堡，之后再到达慕尼黑，但一直没能在战后的德国发迹 。事实上，他已经需要接受犹太人组织的援助来生活 。1948年，他向美国犹太人联合分配委员会提出了一份对他的战时开支加以补偿的请求，之后收到了15000美元 。他曾估算自己战时的开销超过105.6万美元，包括营地的建设、贿赂，以及包含食品在内的黑市商品支出 。辛德勒于1949年移民阿根廷，他在那里试着养鸡和海狸鼠，后者的皮毛有一定的经济价值 。可到了1958年就已经破产 。然后他离开妻子返回德国，尝试经营包括水泥厂在内的多个产业，但都没有成功 。1963年，他再次宣布破产，并于次年因心脏病发而入院治疗了一个月 。辛德勒与战争期间认识的许多犹太人保持着联系，来自世界各地“辛德勒犹太人”的资助让他得以继续生活 。1974年10月9日，奥斯卡·辛德勒逝世，享年67年 。他的遗体安葬在耶路撒冷的锡安山，是唯一一位得以葬在这里的前纳粹党成员 。1963年，以色列授予辛德勒国际义人称号，以表彰他在第二次世界大战期间挽救犹太人免遭大屠杀的功勋，此外，1966年德国政府还授予他联邦十字勋章 。

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